Oddělení ionosféry a aeronomie zkoumá ionosféru, střední a horní atmosféru. Hlavní témata výzkumu jsou:
- Fyzika ionosféry
- Globální změny v horní atmosféře a ionosféře
- Stratosféra: ozón a dynamika
- Infrazvuková měření
- Atmosferická elektřina a globální elektrický obvod
Oddělení se aktivně zabývá vývojem vlastních vědeckých přístrojů pro pozemní pozorování:
- Vícebodový systém kontinuálního dopplerovského sondování (multi-point CDSS)
- Ionosférická airglow kamera
Naše oddělení má za sebou bohatou historii úspěšného vývoje přístrojů pro družicové mise a měření v kosmu:
- Družice Magion (vývoj československých a českých mikrodružic)
- Digitální sluneční čidla pro orientaci družic na oběžné dráze
- Přístroj TPMU (Thermal Plasma Measurement Unit) pro měření vlastností chladného plazmatu
